离心分离的效果除了与高速冷冻离心机种类、离心方法、离心介质及密度梯度等因素有关以外，实际操作时，主离心机转速和离心时间的确定、离心介质的PH值和温度等条件也至关重要。

(一)离心机的转速
离心加速度的大小取决于转子的转速和颗粒的旋转半径。在说明离心条件时，往往也用相对离心力场来表示。实际工作中，离心力场（图示2）的数据是指其平均值。即是指在离心溶液中点处颗粒所受的离心力场。

(二)离心时间
离心时间依据离心方法的不同而有所差别。对于差速离心来说，是指某种颗粒完全沉降到离心管底的时间；对等密度梯度离心而言，高速冷冻离心机离心时间是指颗粒完全到达等密度点的平衡时间；医用离心机的历史与发展而密度梯度离心所需的时间则是指形成界限分明的区带的时间。对于密度梯度离心和等密度梯度离心所需的区带形成时间或平衡时间，影响因素很复杂，可通过试验后确定。
颗粒的沉降时间又称澄清时间，是指颗粒从离心样品液液面完全沉降到离心管底所需的时间。沉降时间决定于颗粒沉降速度和沉降距离。

(三)温度和PH值
为了防止分离物质的凝集、变性和失活，高速冷冻离心机除了在离心介质的选择方面加以注意外，还必须控制好温度及介质溶液的PH值等离心条件。离心温度一般控制在4度左右，对于某些热稳定性较好的酶等，离心也可在室温下进行。但在超速或高速离心时，转子高速旋转会发热从而引起温度升高。故必须采用冷冻系统，使温度保持在一定范围内。
离心介质溶液的PH值应该是处于酶稳定的PH范围内，必要时可采用缓冲液。另外，过酸或过碱还可能引起转子和离心机的其他部件的腐蚀，应尽量避免。